公司通过微信转账发工资，从某种程度上来说，的确可以方便快捷地完成工资发放，提高工作效率。然而，这种做法是否合法，还需考虑以下几个因素：
首先，根据《劳动合同法》的规定，用人单位应当按时足额向员工发放工资。而微信转账虽然是一种发放方式，但并没有特定的法律规定必须通过微信转账发放工资。因此，只要公司在与员工签订的劳动合同中明确约定了发放工资的形式为微信转账，且不违反其他相关法律法规，那么这种做法就是合法的。
然而，值得注意的是，如果公司在发生劳动争议时，通过微信形式发放工资的证据难以取得，可能会面临法律风险。由于没有通过公司的对公银行账号转账，企业可能存在一定的风险。此外，国家对企业的社保和税务征收实行联网管理，如果企业通过个人账户进行工资转账，可能会导致无法准确记录并缴纳相关税费，从而构成违法行为。
其次，对于公司而言，选择微信转账发放工资还涉及到税务问题。根据我国税法规定，公司应当按照相关法规申报并缴纳税款。如果公司通过微信转账发放工资，可能会影响税务申报的准确性和及时性，进而可能面临税务风险。
最后，从员工的角度来看，如果公司通过微信转账发放工资，可能会影响员工对工资的信任度和满意度。毕竟，现金或银行卡转账是更为传统和普遍的工资发放方式，员工更容易理解和接受。
公司通过微信转账发工资本身并不违法，但在实际操作中仍需遵守相关的税收和会计法规，确保所有交易都在正规渠道进行，以避免潜在的法律风险。同时，公司也应当考虑员工的感受和需求，选择更为合理和人性化的工资发放方式。
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